Pour ce qui concerne les fonds structurels européens ou d’autres mécanismes de subventions spécifiques de l’Union européenne, le CCGPE-DGEO a pour mission de servir d'intermédiaire entre les établissements scolaires, les pouvoirs organisateurs, les réseaux d'enseignement, les opérateurs de formation en cours de carrière et, d'une part le ministre, d'autre part les administrations de coordination représentant les instances européennes.

Plus précisément, il s’agit pour le CCGPE-DGEO :

• de coordonner et de globaliser les projets des établissements scolaires, des pouvoirs organisateurs, des réseaux d'enseignement et des opérateurs de formation en cours de carrière ;
• de proposer au Ministre la répartition des crédits européens mis à la disposition de l'enseignement secondaire et la valorisation des parts publiques prévues par la législation européenne ;
• de déposer les demandes de concours après avoir obtenu l'agrément du Ministre ;
• de veiller au préfinancement des actions agréées ;
• d'en assurer la mise en œuvre, le déroulement, le suivi, l'évaluation prospective et rétrospective ;
• de rechercher et de développer les partenariats nationaux et transnationaux,
• de préparer et d'introduire les rapports d'activité et les rapports financiers intermédiaires et de déposer les demandes de soldes après avoir vérifié l'éligibilité des dépenses ;
• de veiller à l'utilisation optimale des subventions européennes;
• de veiller au remboursement des avances consenties par la Communauté française pour les actions agréées.

Conformément aux dispositions des décrets qui l’organisent, le CCGPE a dans ses missions celle de promouvoir la mobilité européenne des jeunes et des enseignants de l’enseignement secondaire qualifiant (technique et professionnel de plein exercice, en alternance et spécialisé de formes 2, 3 et 4).

De manière concrète, ceci signifie que le CCGPE est l’organisme intermédiaire entre l’Agence Education Formation qui octroie les bourses de mobilités et les établissements qui souhaitent en bénéficier.

Depuis 2014, les candidatures aux mobilités des établissements sont regroupées en consortium de métiers. Le CCGPE réunit les établissements intéressés par le programme, coordonne le projet et introduit la candidature auprès de l’AEF.

Lorsqu’un établissement souhaite déposer un projet « individuel », c’est-à-dire dont il est l’unique organisme candidat ou l’unique partenaire national, cet établissement dépose sa candidature après en avoir informé le CCGPE et gère son projet, s’il est sélectionné, directement avec l’Agence AEF ou avec l’organisme étranger coordinateur du projet. Le CCGPE reste alors à disposition pour toute aide éventuelle.